Bước sang hiệp 2, Malaysia muốn tận dụng lợi thế hơn người để tìm bàn gỡ hòa trước Việt Nam. Dù vậy, khi đang trên đà hưng phấn, đội khách nhận gáo nước lạnh ở một tình huống gây tranh cãi.
Pha bóng đó tạo ra những bình luận trái chiều về việc trọng tài thổi penalty cho Việt Nam ở phút thứ 59. Theo đó, Đoàn Văn Hậu đã đẩy ngã hậu vệ Malaysia và cả hai văng vào bảng quảng cáo. Dường như bị ức chế nên Azam Azmi đạp vào đầu Văn Hậu ở bên ngoài đường biên,
Ngoại trừ NHM xem trận đấu trực tiếp tại sân Mỹ Đình, những ai theo dõi qua truyền hình không thể nắm rõ tình huống vì máy quay không lia kỹ càng khoảnh khắc tranh chấp đó. Khi nhiều người còn mơ hồ về tình huống thì trọng tài Sato tặng đội chủ nhà quả penalty và truất quyền thi đấu của Azmi.
Bình luận về pha thổi còi này, cựu trưởng ban trọng tài, ông Dương Văn Hiền cho rằng mọi thứ đều đúng luật:
“2 cầu thủ tranh chấp đã ở ngoài đường biên nhưng điều quan trọng là bóng vẫn ở trong cuộc. Vì vậy, theo luật thì trọng tài kém điểm phạm lỗi vào điểm gần nhất trên mặt sân thi đấu. Điểm gần nhất chính là khu vực cấm địa nên việc thổi penalty là chuẩn xác.”
Quế Ngọc Hải hoàn thành nhiệm vụ từ khoảng cách 11 mét, qua đó góp công giúp Việt Nam thắng Malaysia 3-0.