Marquinhos gia nhập Arsenal từ Sao Paulo vào mùa hè này với giá 3 triệu bảng. Cầu thủ 19 tuổi đã ghi bàn ở trận ra mắt trong trận thắng ở Europa League trước FC Zurich. Dù vậy Arsenal đang xem xét cho phép Marquinhos rời câu lạc bộ dưới dạng cho mượn vào tháng Giêng.
Theo tờ The Sun, kế hoạch ban đầu là cho mượn thần đồng này ngay lập tức sau khi anh chuyển đến London với giá 3 triệu bảng từ Sao Paulo, nhưng thay vào đó, HLV của Arsenal đã quyết định giữ Marquinhos ở lại đội sau khi anh gây ấn tượng ở giai đoạn tiền mùa giải.
Marquinhos đã dự kiến gia nhập Wolves trước khi ký hợp đồng với Arsenal vào mùa hè này, và thậm chí đã ký các điều khoản trước hợp đồng để chuyển đến Molineaux trước khi Arteta giành được chữ ký của anh.
Chơi cho đội trẻ Pháo thủ, anh ra mắt với 1 bàn thắng và 1 pha kiến tạo vào lưới Manchester United, lập một cú đúp vào lưới West Ham trong lần xuất hiện tiếp theo, và chứng tỏ rằng anh đã sẵn sàng cho đội 1 tại Emirates.
Anh được dự bị trong 3 trận Premier League gần nhất của Mikel Arteta, trước khi gây ấn tượng tại Europa League. Anh là 1 trong 7 sự thay đổi trong đội hình xuất phát của Mikel Arteta, Marquinhos tạo ra tác động ngay lập tức, ghi bàn mở tỷ số, góp công giúp Arsenal thắng trận.